长远目标：流域机构在未来流域规划的制定、水资源的管理和开发中，采用促进水资源公平和可靠利用的水资源统一管理原则和方法。

　　近期目标：石羊河流域管理局有能力运用参与式方法，结合促进水资源公平、可靠和可持续利用的水资源统一管理工具，制定流域规划。

　　石羊河流域水资源利用主要存在以下问题：
　　1、上游祁连山产流区植被破坏严重，涵养水源能力降低，保水能力减弱，水土流失面积增大；
　　2、中游地区社会经济的发展没有充分考虑水资源承载能力约束，盲目扩大灌溉面积，使中游地区耗水量过多，挤占了下游的水资源，引起地区间水事纠纷；
　　3、下游水资源严重短缺，生态环境日益恶化；
　　4、水质污染严重，直接影响着人们的生产与生活。